淀粉廢水治理工藝路線的選擇應根據現行國家和地方有關排放標準、污染物來源及性質、排水去向確定淀粉廢水處理程度，選擇相應的處理工藝。

淀粉廢水治理總體上宜采用“預處理+厭氧生物處理+好氧生物處理+深度處理”的污染治理工藝，工藝流程圖如下：淀粉企業額根據淀粉生產的原料和產品種類、廢水性質選擇合適的廢水工藝路線和單元技術。

預處理工序中，淀粉生產廢水應通過格柵、沉淀、氣浮等工藝去除懸浮物后進入調節池，進行水量調節;馬鈴薯淀粉生產廢水應在沉淀池前設置消泡設施;薯類淀粉廢水中的原料輸送清晰廢水應通過沉沙等工藝去除污水中的沙粒后進入調節池。這類方法處理比較慢。想處理比較快的，就是使用離心機進行固液分離，還可以回收淀粉，這類方法較比優選。